Sillabo dell'insegnamento

• A - Fondamenti
* ALF - Automi e Linguaggi Formali
Edit distance tra due stringhe; Edit Graphs; Weighted edit-distance, alphabet-weighted edit-distance; Similarità tra stringhe; Allineamento globale; Occorrenze approssimate di P in T; Allineamento locale; Matrici di Sostituzione: Pam e Blosum. Allineamento multiplo di sequenze. Meccanismi molecolari alla base dei processi evolutivi; Geni ortologhi e paraloghi; Determinazione delle distanze genetiche tra sequenze nucleotidiche e aminoacidiche; PHYLIP Package; L'orologio molecolare; Filogenesi molecolare.
COM - Complessità
Complessità degli algoritmi presentati. Rappresentazione di dati biologici
• B - Algoritmi
* SDF - Strutture di Dati Fondamentali
Catene di Markov; Sorgenti di Markov; Hidden Markov models; HMM per un fonema; Profile HMMs
* A - Algoritmi fondamentali
Algoritmi di Needleman-Wunsch e Smith-Waterman. FASTA. BLAST. Algoritmi per l'allineamento multiplo: ClustalW, TCoffee. UPGMA, Neighbor-joining. Algoritmi su HMM, Algoritmo di Viterbi per un HMM
* ASC - Algoritmi su Strutture Combinatorie
Metodi alignment-free. Calcolo dell'edit distance: algoritmo naїf, algoritmi basati sulla programmazione dinamica, metodi euristici di allineamento. Metodi per la costruzione degli alberi filogenetici.i alignmenMetodi per la costruzione degli alberi filogenetici.
• G - Basi di dati
BDA - Basi di Dati Avanzate
Ricerca di similarità in banche dati . Basi di dati biologiche.